Seit einigen Versionen startet Gimp für Windows automatisch im »Einzel­fenster­modus«. In älteren Versionen entsprachen die drei eben vorgestellten Bereiche eigenen Fenstern. Drei Fenster haben manchmal Vor­teile: So wird das Bild im Haupt­fenster größer, nämlich bild­schirm­füllend darge­stellt und die zwei kleineren Fenster können immer dorthin verschoben werden, wo sie nicht stören. Wer mit mehreren Bild­schirmen arbeitet, kann einen Monitor für das Bild und den anderen für die zwei anderen Fenster verwenden.

Gimp ermöglicht es dem Benutzer, mit beiden Fenstermodi zu arbeiten. Umgestellt kann der Fenstermodus, wie oben darge­stellt, im Menüpunkt »Fenster« und dem Untermenüpunkt »Einzel­fenster-Modus« werden. Ist der Menüpunkt aktiviert, werden die drei Fenster von Gimp zu einer Benutzer­ober­fläche verbunden, ansonsten kann mit drei Fenster gearbeitet werden.